「ガンマンワールド」でガイアークの害統領・バッチードと激戦を繰り広げていたゴーオンジャーは、バッチードの罠により、それぞれ異次元ワールドへと飛ばされてしまう。「ヒューマンワールド」へ戻ってきたゴーオンレッドとボンパーは、そこで侍戦隊シンケンジャーに出会う。初めは対立しながらも、すべてのワールドの征服をもくろむバッチードの野望を阻止するため、シンケンジャーとゴーオンジャーは最強タッグを組む。